Poco se sabe sobre su vida, a pesar de que Louis Aubert era hijo de Jacques Aubert, compositor y violinista, y de su esposa Marie-Louise Lecat.

Era hermano de Jean-Louis Aubert (1731-1814), llamado Abbé Aubert, fabulista, poeta, periodista y crítico. Jacques, otro de sus hermanos, tomó probablemente la sucesión de su padre como violinista en 1746.

Al igual que su hermano Jacques, recibió lecciones de música de su padre.